1. La tête dans un site actif : Le LSD couplé à son récepteur 5HT2B 

J'y comprends franchement rien mais c'est beau le graphique en 3D :p

Hahaha en espérant qu'avec le texte explicatif qui va avec tu comprendras tout de même 2/3 trucs. Et oui moi aussi je trouve ça beau. Attends de voir quand je trouverai le moyen de montrer des dynamiques moléculaires.

Mychkine a écrit

Super initiative, tes explications sont claires et précises, et ton texte est agréable a lire. Je te remercie et espere que le reste a venir sera d'aussi bonne qualité !

Pour les connaissances préliminaires, il existe d'excellentes chaines de vulgarisation sur youtube, peut-etre que certaines d'entre elles pourront faire office de support a ton exposé.

Je me souviens en particulier d'une vidéo de vulgarisation, partant des bases et destinée au grand public, traitant du repliement des protéines et qui constitue a mon avis un bon complément a ton présent billet.

https://www.youtube.com/watch?v=OGewxRMME8o

Merci pour ton retour. Oui je vais essayer de trouver différentes questions auquel on peut tenter de répondre. Par exemple la suite logique de ce petit début, je ne sais pas s'il y a eut des articles qui prouvent que le 1P-LSD est métabolisé en LSD avant de pouvoir se lier aux récepteurs, mais en regardant le site actif, ne serai-ce qu'en regardant la taille que prend le groupement 1P dans le site actif, on peut peut-être en conclure que oui, le 1P-LSD est une prodrug. Ça me donnera l'occasion d'être plus précis sur les différents types d'interactions que fait un médicament avec ce qu'on appelle son "ligand". J'ai commencé vaguement hier, mais ça faisait beaucoup en un coup. 

Et pour la vidéo, effectivement elle est parfaite ! C'est super instructif pour moi, il part de la base, explique tout de façon claire. Et effectivement, c'est super à propos, car justement AlphaFold2 c'est une révolution dans le champ de la bioinformatique. On essaye de s'amuser avec pour voir les possibilités, et il y a des trucs vraiment cools. Ils se sont rendu compte qu'en plus d'être hyper performants pour prédire une structure à partir d'une séquence, le modèle pouvait aussi prédire aussi bien ou mieux l'interaction entre un complexe de protéine que les méthodes actuelles, alors qu'ils n'avaient pas entrainé le modèle pour ça ! Il y a aussi bien-sûr des limitations, mais c'est exactement comme il décrit le truc dans la vidéo. Des équipes planchent sur ce problème depuis les années 60, puis Google débarque, avec des informaticiens qui connaissent peu le problème et ... ils plient tout le monde

EDIT : j'oubliai merci pour l'initiative j'apprends plein de truc !

Oh my god je crois qu'on va vite devenir ami, je suis passionné par la relation structure-activité des psychotropes et la prédiction de nouvelles molécules de recherche ! J'utilise JSmol et mon domaine de profession est orienté psycholeptique (opioïde, benzodiazépine et apparentés).

Notamment en ce moment "Dans cette synthèse, nous décrivons la structure tridimensionnelle des mu-OR et delta-OR, et discutons ce que nous enseignent ces structures sur les mécanismes moléculaires de la reconnaissance des récepteurs OR par les ligands morphiniques antagonistes. Nous décrivons notamment l’organisation structurale des domaines extracellulaires à l’origine de la sélectivité de liaison des opiacés. "

Si cela t'intéresse :

Sébastien  Granier
Med Sci (Paris) 28 (10) 870-875 (2012)
DOI: 10.1051/medsci/20122810016

Salut Norhydex ! Je n'ai pas compris si tu étais Sébastien (si c'est le cas il faut peut-être faire gaffe à donner son identité sur un forum tel que celui-ci) ou si tu partageais un de ses papiers, en tout cas merci pour ton retour !

Effectivement on est passionné par la même chose ! Et les récepteurs opiacés sont très intéressants. J'ai vu tes quelques blogs et comme je ne suis pas super affuté niveau chimie, ils sont complémentaires avec le mien et ceux que je projette de faire :) Au plaisir de te lire !

Todash a écrit

Quel sujet fascinant, c'est fou !

J'ai tellement de question bête à poser haha, du genre :
Que se passe-t-il une fois la molécule accrochée au récepteur ? Elle se fait "consommer" ou c'est tout le récepteur qui fini par se "désagréger" ?

Peut-être qu'il existe parfois certaines questions bêtes, mais celles-là n'en font pas partie loin de là ! Je te propose d'y répondre par un billet précis dès que j'ai le temps, avec vidéo de dynamique moléculaire à l'appui, il y a beaucoup à en dire.

En fait ta question, c'est : "Comment le récepteur transmet l'information à l'intérieur de la cellule, une fois qu'il a reçu le ligand". Quand je parle de ligand, c'est toute molécule qui se lie au récepteur. La réponse rapide, le ligand ne désagrège pas le récepteur. Le ligand dans le cas d'une molécule agoniste (qui active le récepteur) change la conformation des acides aminés du site actif, ce qui créé un réarrangement des hélices du récepteur. La protéine G intracellulaire peut alors interagir (côté intérieur du neurone) avec le bas du récepteur et être activée. Mais patiente un petit peu et j'explique ça en détail avec des images et des GIFs

Concernant le deep learning et les progrès récents, je continu de penser que si l'humanité arrêtait de miner des monnaies virtuels pour s'enrichir on aurait une puissance de calcul colossale pour faire avancer la science...

Je pense que la technologie des cryptomonnaies n'est pas mauvaise en soi, c'est comme tout, c'est un outil qui peut être utilisé à des mauvaises fins, pour s'enrichir. Mais on peut en faire des utilisations bien plus nobles, par exemple commander des armes, des cartes de crédit ou de la pure came depuis chez soi !  

J'y comprends rien de chez rien (jargon scientifique c'est a mille lieu de mes connaissances ) mais c'est néanmoins intéressant pour le peu qui me parle,

Merci pour ton retour. Et heureux que ça te parle au moins un petit peu, je prends ça comme une victoire.

Salut à toi ! Ca fait un petit moment que je te suis, je trouve ca vraiment cool ce que tu fais, en plus tu mets le curseur au bon endroit quand tu décris tout ca(à la limite justement de la vulgarisation   bref chapeau

Je savais pas vraiment quoi te poser comme question, ce n'est pas du tout mon domaine, même si la notion de questions réponses récurrentes dans la "chimie du corps" m'intrigue. D'ailleurs j'ai du mal à voir la séparation chimie/biologie dans le corps humain ? bref

Comment se concrétise, la sensation de voir les effets ressentis s'amoindrir après plusieurs prises successives d'un même prod ?

Pourquoi l'excitation psycho vécu par le monsieur ou la madame semble moins intense après plusieurs prises ?
Est ce qu'elle mobilise plusieurs échelons (transmetteurs, recepteurs, intracellulaire) ou c'est plus ciblé ? C'est un phénomène qu'on peut quantifier ?

Ah oui et si c'est une baisse d'activité des transmetteurs récepteurs par exemple, dans quelle mesure c'est comparable au vieillissement du corps ?
Lui agit sur un temps beaucoup plus long (lent?) et peut être pas sur les mêmes régions...

J'espère que je pose pas une question trop barré, alors si le cœur t'en dit, n’hésites pas à en dire plus !

Dans mon cas, c'est de coke base, surement chaque type de produit a son propre fonctionnement en plus, mais ya bien géneralité qui s'appliquerait pour tout ca :)


Tarplu !

Anonyme813 a écrit

Quand je parle de ligand, c'est toute molécule qui se lie au récepteur. La réponse rapide, le ligand ne désagrège pas le récepteur. Le ligand dans le cas d'une molécule agoniste (qui active le récepteur) change la conformation des acides aminés du site actif, ce qui créé un réarrangement des hélices du récepteur

Anonyme813 a écrit

es mécanismes d'horlogeries qui sous-tendent l'action des neurotransmetteurs, des drogues, des récepteurs.

Todash a écrit

Quel sujet fascinant, c'est fou !

J'ai tellement de question bête à poser haha, du genre :
Que se passe-t-il une fois la molécule accrochée au récepteur ? Elle se fait "consommer" ou c'est tout le récepteur qui fini par se "désagréger" ?

Concernant le deep learning et les progrès récents, je continu de penser que si l'humanité arrêtait de miner des monnaies virtuels pour s'enrichir on aurait une puissance de calcul colossale pour faire avancer la science...

Juste pour te dire que tu as un début à ta réponse dans mon billet numéro 6 ici. Pas encore de la dynamique moléculaire, pas encore eu le temps mais j'ai pas oublié, ça sera fait cet été.

Salut à toi ! Ca fait un petit moment que je te suis, je trouve ca vraiment cool ce que tu fais, en plus tu mets le curseur au bon endroit quand tu décris tout ca(à la limite justement de la vulgarisation wink  bref chapeau

Ca c'est un sacré compliment, merci. Je fais ça car ça me permet de réviser mes bases, ça me fait vachement plaisir les retours, et je pense que c'est vraiment nécessaire pour la RdR d'apporter des informations précises. Je suis pas vraiment expert outre la modéilsation moléculaire, mais ma formation m'apprends à aller chercher les infos et donc je peux apprendre tout en transmettant ça c'est cool. Je veux pas créer de polémiques, mais certains s'érigent en experts et balancent de la désinformation à tout va, c'est aussi ça qui m'a motivé à commencer à écrire le blog.

Je savais pas vraiment quoi te poser comme question, ce n'est pas du tout mon domaine, même si la notion de questions réponses récurrentes dans la "chimie du corps" m'intrigue. D'ailleurs j'ai du mal à voir la séparation chimie/biologie dans le corps humain ? bref

En fait y'a pas vraiment de séparation à faire, la biologie à pour base la chimie (c'est pour ça que la séparation naturel et chimique n'as pas vraiment de sens). Mais la chimie du vivant est très particulière, on peut opposer chimie organique (du vivant, basé sur le carbone), des autres types de chimies (minérales, inorganiques). C'est pas du tout le même type de réaction, c'est très élégant ce que fait le vivant. Pas besoin d'être en condition extrêmes, de chauffer à 200°C tes composés pour avoir ta réaction, ni mettre une pression de 50 atmosphères ou être en milieu hyper acide ou basique. Rien de tout ça, conditions très douces mais présence de catalyseurs (ces machines protéiques qu'on produit tous). C'est une danse extrêmement complexe ou tout est réglé comme du papier à musique. Bon bien-sûr ça peut se mettre à bugguer...

Comment se concrétise, la sensation de voir les effets ressentis s'amoindrir après plusieurs prises successives d'un même prod ?

Il faudrait que je creuse plus car c'est très intéressant, mais de ce que j'en sais, c'est qu'il y a l'aspect mental "découverte". La première fois que tu fais quelque chose, c'est toujours nouveau et cool. La 1000ième ça l'est moins, même si les sensations sont très intenses. Je dit "mental" car j'ai pas l'explication neurologique, mais il doit y en avoir une.

Et à côté de ça il y a les mécanismes de la tolérance, et là ça se passe à plusieurs niveaux. La première réaction de ton corps face à un déséquilibre, c'est de retrouver son homéostasie (son état d'équilibre justement).

Le moyen le plus rapide se produit au niveau du neurone en question. Ton neurone est baigné de neurotransmetteur, ses récepteurs sont tous actifs, il n'arrête pas de décharger. A ce moment son réflexe est de faire rentrer les récepteurs à l'intérieur, comme ça les molécules à l'extérieur ne peuvent plus l'activer. C'est l'internalisation des récepteurs. Si tu arrête la consommation pendant une bonne période, les récepteurs vont revenir au niveau de la membrane.

Si la stimulation est continue et/ou répétée dans le temps, alors le neurone peut commencer à produire des protéines qui inhibent l'expression des récepteurs. Ca se passe au niveau de l'ADN. Le neurone ne va plus produire la même quantité de récepteurs, et donc il sera moins activable. C'est une réaction qui est bien plus durable dans le temps.

Mais il peut se produire d'autres changements outre le niveau récepteur. Au niveau du foie par exemple. Le corps s'habitue à recevoir plein de molécules d'un certain type, et donc il va se mettre à métaboliser plus d'enzymes pour dégrader les molécules que tu lui balance. Et donc au niveau ressenti, il sera fortement diminué car ton corps est armé pour métaboliser de façon très efficace le toxique en question.

C'est un peu les explications qui me viennent là, mais ça doit être surement infiniment plus complexe, et produit dépendant.

Ah oui et si c'est une baisse d'activité des transmetteurs récepteurs par exemple, dans quelle mesure c'est comparable au vieillissement du corps ?
Lui agit sur un temps beaucoup plus long (lent?) et peut être pas sur les mêmes régions...

Au niveau du vieillisement du corps, je ne m'y connais pas trop. Mais je sais que lorsque tu vieilli, tu produit moins de certaines hormones (DHEA, testostérone, hormone de croissance, etc.). Les hormones ont un impact profond sur ton équilibre de neurotransmetteurs. Il y a d'ailleurs une grande quantité d'hormones qui sont appellées des neurostéroïdes, car en plus d'agir sur toutes tes cellules au niveau de l'expression des gènes (donc au niveau du noyau cellulaire), elles agissent aussi directement sur des récepteurs membranaires de surface tel que les récepteurs dopaminergiques (testostérone, cortisol, DHT...) ou GABAergiques dans le système nerveux central. Une grande partie des drogues modifient la quantité d'hormones que tu produit, et inversement une modification de ton taux d'hormone à cause du vieillissement va changer ta réponse aux drogues.

Je suis encore en train d'essayer de comprendre toute cette danse (est-ce que je la comprendrais totalement un jour d'ailleurs ? J'en doute) des hormones qui sont toujours présentes en tâche de fond mais que l'on ne considère jamais lorsqu'on parle de telle drogue qui active la dopamine, la sérotonine ou autre.

Anonyme813 a écrit

Je suis encore en train d'essayer de comprendre toute cette danse (est-ce que je la comprendrais totalement un jour d'ailleurs ? J'en doute) des hormones qui sont toujours présentes en tâche de fond mais que l'on ne considère jamais lorsqu'on parle de telle drogue qui active la dopamine, la sérotonine ou autre

Cool ta réponse sur le tas, ca donne déjà à reflechir

Alala je vais pas me lancer dans le philo ce soir pasque que ce serait un peu HS mais beaucoup de point de reflexion sur ce sujet, mais juste le cheminement qui me
Donc comment j'en suis venu à cette question
Je n'ai aucune connaissance si ce n'est d'avoir somnolé un cours sur deux de bio au lycée et d'avoir fumer du sulfate de cuivre pentahydraté à l'inter cours ahah

Mais on dit bien qu'en Chimie rien ne se perd ?

La réaction spontané qu'aura un nouveau né en se séparant de la mère la première fois pouvait être un indicateur. Elle a un caractère spontané, inédit et denué de toute influences "sociales". Voila pourquoi je pense que la reaction chimique à ce moment là est intéressante car "neutre"

Qu'est ce que ca indique par contre j'en sais rien, mais de l'information circule.

En arrière plan, ya le principe de mémoire qui opère (tout laisse une trace quelque part si rien ne se perd) et le stockage de l'information laissé par un souvenir.

La par exemple tu parles des ligands pour le transfer d'info, j'attendrais ta réponse là dessus, là je pars trop loin pour être clair ce soir, merci à toi ! Je continuerais ma réponse plus tard

EDIT :

Anonyme813 a écrit

Mais la chimie du vivant est très particulière, on peut opposer chimie organique (du vivant, basé sur le carbone), des autres types de chimies (minérales, inorganiques). C'est pas du tout le même type de réaction, c'est très élégant ce que fait le vivant. Pas besoin d'être en condition extrêmes, de chauffer à 200°C tes composés pour avoir ta réaction,

Ouai on peut considérer que notre fonctionnement est en quelque sorte un gros bordel que notre organisme se charge de réorganiser pour nous permettre la vie...

Et si nous pouvons expliquer certains aspects, il est pour l'instant impossible de concevoir la vie dans sa globalité, sa résurgence est une des variables qui nous échappe je pense. Car en réalité, nous ne créons rien, comme pour la chimie tout se transforme. Ce que nous développons, les innovations, le concret matériel autant que les idées au sens philosophique sont une question ou une réponse à quelque chose d'autres. C'est la séparation qui nous permet d'assimiler un concept ou une chose. Nous ne concevons pas l'unité car nous n'en avons pas les capacités. Contrairement au "Verbe".

Je suis à la fois fasciné et donc intéressé par toutes les connaissances et le savoir technique que nous développons mais terriblement désabusé de voir qu'une partie de la recherche scientifique croit réinventer la poudre et l'orgueil démesuré avec lequel elle voudrait expliquer certains aspects.

Mais un complément sur ma question par rapport au vieillissement ( même si tu dis pas trop maitriser le sujet   :

Si on prend le cas de l'ouïe, on sait que son vieillissement a un caractère irréversible et s'explique en partie par la diminution ou l'endommagement des cellules ciliés de l'oreille.

Bon et bien qu'est ce qui va différencier un des cinq sens de la "sensation" ressenti par le chamboulement des hormones et des neurostéroïdes

Anonyme813 a écrit

es hormones ont un impact profond sur ton équilibre de neurotransmetteurs. Il y a d'ailleurs une grande quantité d'hormones qui sont appellées des neurostéroïdes, car en plus d'agir sur toutes tes cellules au niveau de l'expression des gènes (donc au niveau du noyau cellulaire), elles agissent aussi directement sur des récepteurs membranaires de surface tel que les récepteurs dopaminergiques (testostérone, cortisol, DHT...) ou GABAergiques dans le système nerveux central. Une grande partie des drogues modifient la quantité d'hormones que tu produi

La par exemple tu parles des ligands pour le transfer d'info, j'attendrais ta réponse là dessus, là je pars trop loin pour être clair ce soir, merci à toi ! Je continuerais ma réponse plus tard

Je pense que mon billet 7 est une bonne réponse à cette question, pour que ça soit plus clair pour toi, comment se transmet l'information à partir d'un signal chimique, tout comme ta question d'après sur l'ouïe et le vieillissement.

J'ajoute juste qu'effectivement pour l'ouïe, les cellules ciliées, les neurones spécialisées pour reconnaître des vibrations sonores ne se régénèrent pas. Leur nombre est fixe et plus tu avances en âge, moins tu en as. Curieusement, c'est pas le cas des neurones olfactifs qui se régénèrent tous les 30 jours environ. Cependant, avec l'âge, il y a aussi une baisse assez significative de la perception olfactive.

ça fait plaisir de lire des articles bien informés et bien présentés comme celui ci. même si je suis loin de bien comprendre, je vois mieux comment par sa configuration spatiale une molécule peut chambouler notre appareil cognitif. Un jeu de construction si complexe qu'il permet de faire le lien entre une molécule et la conscience.

Merci ça me fait vachement plaisir. Effectivement, tu as compris le message principal ! Pour ce qui est de la dernière étape, faire le lien entre la chimie du cerveau et la conscience, c'est un peu ce qui m'intéresse à la base. Mais honnêtement, je n'ai pas encore trouvé de réponse satisfaisante. Si on regarde uniquement le côté biologique et chimique, c'est simple, nous ne sommes que des machines extrêmement complexes et façonnés par l'évolution. Mais si on regarde le côté psychique, il y a des choses difficilement explicables avec un point de vue matérialiste (comme l'inconscient collectif ou notre capacité à générer de l'information qui a l'air sortie de nulle part sous psychédélique). Du coup, j'attends avant de conclure qu'on n'est que des machines sans âme haha.