Chapitre 4 Prédiction MD "structure - potentiel d'affinités récepteurs 

#1 Posté par : Anonyme6525 10 février 2022 à  14:57

Je suis attentif et intéressé. De ton côté, tu peux de ton côté commencer à être plus attentif à comment tu écris haha.

#2 Posté par : Morning Glory 10 février 2022 à  18:26

Fais attention à ce que tu dis de façon générale. Source tes dires s'il te plaît. Sur un sujet récent sur le forum, entre la codéine ayant une moins bonne biodispo orale que la morphine et qui se transforme en héroïne dans le foie, y a pas que l'écriture à laquelle il faut que tu sois attentif. J'apprécie tes contributions à la plateforme, mais assure toi qu'elles soient justes, ou dis "je pense que" plutôt que faire comme si "c'est comme ça". C'est pas pareil ça ne porte pas à confusion comme ça, ça reste ton avis.

#3 Posté par : Norhydex 23 février 2022 à  19:41

Comment les interactions moléculaires peuvent être utilisées pour prédire la fonction d'un candidat pharmacologiquement actif ?

Le drug design va tenter d'utiliser les informations sur les interactions entre molécules et récepteurs pour optimiser l'usage de ces molécules candidates.

Parlons déjà du Docking

Dans l'industrie pharmaceutique, la prédiction via modélisation informatique est un grand domaine de la recherche. Eh oui ce n'est pas du tout propre aux dealers drug designer des RC.

Petite anecdote, savez-vous pourquoi nous ne faisons pas la synthèse totale de la morphine et pourquoi nous préférons la cultiver sur notre territoire ?

La synthèse totale la plus rentable comporte 22 étapes. C'est anti-économique et anti-écologique. Deux lignes directrices en chimie organique.

Docking

Le docking (ou "amarrage moléculaire") est une approche numérique de modélisation moléculaire. Elle cherche à identifier la meilleure orientation entre 2 molécules sur la base de leur coordonnées dans des états pris séparément.

Le principe du docking repose sur 3 étapes :

    Représentation des systèmes moléculaires

    Établissement d'un algorithme de recherche des interactions

    Établissement d'une fonction permettant d'évaluer l'interaction entre les partenaires

#4 Posté par : Norhydex 23 février 2022 à  19:48

Rappel de base pour comprendre : qu'est ce que la pharmacophore ?

Dans ce chapitre, nous évoquons les approches qui partent du principe que les propriétés recherchées sont entièrement encodées dans la structure chimique du composé d'intérêt. Le défi est alors de trouver une métrique qui permet de décoder et de quantifier la propriété recherchée. On tente donc d'établir des relations quantitative entre des structures chimique et des propriétés (ici de nature pharmacologiques). On parle d'approche QSAR, pour Quantitative Structure-Activity Relationship. Nous allons nous focaliser sur l'approche dite pharmacophore.

Un pharmacophore est l'ensemble des caractéristiques stériques et électroniques nécessaires pour assurer des interactions optimales avec une cible biologique et déclencher ou inhiber sa réponse.

De manière plus pragmatique, il s'agit des caractéristiques chimiques et physico-chimiques que devra posséder une molécule pour interagir de manière optimale avec sa cible pharmacologique.


Pharmacophore de la benzodiazépine (en blanc) et de la non-benzodiazépine (en vert)

La figure représente la superposition de 2 molécules ayant des activités comparable sur un récepteur GABA. La molécule blanche représente le diazepam (benzodiazépine , aussi appelée valium) et la molécule verte représente la molécule CGS-9896 (non-benzodiazépine). Ces deux molécules n'appartiennent pas à la même famille chimique mais partagent le même pharmacophore. Le pharmacophore est représenté par des sphères, associées à des propriétés physico-chimiques disposées dans l'espace. Les sphères rouges sont des sites donneurs (H1) ou donneurs et accepteurs (H2/A3) de liaisons hydrogènes. Les sphères blanches sont des sites d'interaction non polaire (lipophile).

Le pharmacophore n'est donc pas une molécule, c'est une représentation en 3 dimensions des caractéristiques nécessaires pour générer une effet biologique.

#5 Posté par : g-rusalem 23 février 2022 à  20:43

Super, à nous 2 on va couvrir toute la bioinformatique ! Je précise bien tôt si j'ai le temps les différents types de liaisons, en continuant l'exemple sur le 5HT2B et le LSD. Car je pense que c'est difficile de capter pour un néophyte ce qu'est une liaison hydrogène, ionique, hydrophobe, un groupement donneur ou accepteur !

(pas encore assez de post pour te mettre un champi vert)